Кроме обычных прямых податей и оброка, при Иване Грозном широко практиковались целевые налоги. Такими были ямские деньги, стрелецкая подать для создания регулярной армии, полоняничные деньги — для выкупа ратных людей, захваченных в плен, и русских, угнанных в полон.
Раскладка и взимание податей производились самими земскими общинами посредством выборных окладчиков. Они наблюдали, чтобы налоговые тяготы были разложены равномерно «по достатку», для чего составлялись так называемые «окладные книги».
Политическое объединение русских земель относится к концу XV в. Большинство прямых налогов собирал Приказ большого прихода. Одновременно с ним обложением населения занимались территориальные приказы: в первую очередь Новгородская, Галичская, Устюжская, Владимирская, Костромская чети, которые выполняли функции приходных касс; Казанский и Сибирский приказы, взимавшие ясак с населения Поволжья и Сибири; Приказ большого дворца, облагавший налогом царские земли; Приказ большой казны, куда направлялись сборы с городских промыслов; Печатный приказ, взимавший пошлину за скрепление актов государевой печатью; Казенный патриарший приказ, ведающий налогообложением церковных и монастырских земель. Помимо перечисленных, налоги собирали Стрелецкий, Посольский, Ямской приказы. В силу этого финансовая система России в XV — XVII вв. была чрезвычайно сложна и запутанна.
Полоняничная подать, которая собиралась время от времени, в царствование Алексея Михайловича стала постоянной (по Уложению 1649 г.) и собиралась ежегодно «со всяких людей». Посадские обыватели и церковные крестьяне платили со двора по 8 денег, дворцовые и помещичьи крестьяне — по 4 деньги, а стрельцы, казаки и прочие служилые люди низших чинов — по 2 деньги. Стрелецкая подать была при Иване Грозном незначительным налоговым хлебом, а при Алексее Михайловиче выросла до значения одного из прямых основных налогов и уплачивалась как натурой, так и деньгами.
Реорганизация армии, строительство флота требовали все новых и новых дополнительных расходов. Помимо стрелецкой подати, были введены военные налоги: деньги драгунские, рекрутские, корабельные, подать на покупку драгунских лошадей, вводились и другие налоги. Царь учредил особую должность — прибыльщиков, обязанность которых «сидеть и чинить государю прибыли», т. е. изобретать новые источники доходов казны. Так был введен гербовый сбор, подушный сбор с извозчиков — десятая часть доходов от их найма, налоги с постоялых дворов, с печей, с плавных судов, с арбузов, орехов, с продажи съестного, с найма домов, ледокольный и другие налоги и сборы.
Усилиями прибыльщиков в январе 1705 г. была наложена пошлина на усы и бороды. Было постановлено, что с тех, кто не захочет бриться, брать: с царедворцев и служилых людей по 60 руб., а с гостей и гостиной сотни первой статьи — по 100 руб. ежегодно.
В дальнейшем прибыльщики предложили коренное изменение системы налогообложения, а именно переход к подушной подати. До 1678 г. единицей налогообложения была «соха», устанавливаемая сошным письмом, а с 1678 г. такой единицей стал двор. Немедленно возник и способ уклонения от налогов: дворы родственников, а порой и просто соседей, стали огораживаться единым плетнем.
Прибыльщики предложили перейти от подворной системы обложения к поголовной, единицей обложения стала вместо двора мужская душа.